Қуйидагилар бошқарманинг асосий вазифалари ҳисобланади:
Вазирликка юкланган вазифалар ва функциялар самарали бажарилишини таъминлашда иштирок этиш;
Фарғона вилояти ва маҳаллий ҳокимликлар, прокуратура, ички ишлар ва давлат солиқ хизмати ҳудудий органлари раҳбарлари бошчилик қиладиган комплекс ижтимоий-иқтисодий ривожлантириш бўйича секторлар (бундан буён матнда комплекс ижтимоий-иқтисодий ривожлантириш бўйича секторлар деб аталади) билан ҳамкорлик қилиш;
умумий ўрта ва мактабдан ташқари таълим соҳасида қонун ҳужжатларига, норматив ҳужжатларга риоя этилиши устидан мониторинг олиб бориш ва назорат қилиш;
умумий ўрта ва мактабдан ташқари таълим муассасаларида ўқув-методик фаолиятни мувофиқлаштириш ва ахборот-коммуникация технологияларини жорий этиш;
имконияти чекланган болалар учун ихтисослаштирилган таълим муассасаларида ўқувчиларни реабилитация қилиш ва маънавий-ахлоқий жиҳатдан тарбиялаш бўйича фаолиятни мувофиқлаштиради;
нодавлат таълим хизматлари кўрсатиш фаолиятини амалга оширадиган юридик шахсларни қўллаб-қувватлаш ҳамда умумий ўрта ва мактабдан ташқари таълим муассасаларида таълим беришнинг муқобил шаклларини ривожлантириш;
ҳудудларда давлат-хусусий шерикчилигини кенгайтириш бўйича амалий чоралар қабул қилиш;
умумтаълим муассасаларида замонавий хавфсизликни таъминлаш воситалари ва инновацион технологияларни жорий қилиш бўйича тадбирларни ташкил этиш;
умумтаълим муассасаларини қўллаб-қувватлаш ва уларнинг инфратузилмасини ривожлантириш масалалари борасида ҳокимиятлар рейтингини тузишда кўмаклашиш;
ўқитувчиларнинг касбий фаолиятига боғлиқ бўлмаган турли хил ишларга жалб қилинишини қатъиян йўл қўйилмаслигини таъминлаш, ўқитувчи касбининг мақоми ва обрўсини ошириш, ўқитувчиларнинг ўз касб фаолиятини амалга ошириши чоғида ҳуқуқ ва эркинликлари бузилмаслиги, шаъни ва қадр-қиммати камситилишига йўл қўймаслик бўйича чораларни кўриш;
умумий ўрта ва мактабдан ташқари таълим тизимини ривожлантиришга йўналтирилган ягона давлат сиёсатининг амалга оширилишини таъминлаш, педагогик кадрлар малакаси ва касбий маҳоратини ошириш;
ўқув-тарбия жараёнига ўқитишнинг замонавий илғор шаклларини, янги педагогик ва ахборот-коммуникация технологияларини, таълим-тарбиянинг самарали шакллари ва усулларини жорий этишни таъминлаш;
таълим муассасаларида Ўзбекистон ёшлар иттифоқи бошланғич ташкилотлари фаолиятини самарали йўлга қўйиш орқали ўқувчиларни миллий ва умуминсоний қадриятлар, инсонпарварлик ва юксак маънавият руҳида тарбиялаш, уларнинг қалби ва онгига мустақиллик, инсонпарварлик анъаналарига садоқат, миллий ўзликни англаш ғояларини яна-да чуқур сингдириш, “оммавий маданият” кўринишидаги ёт ғояларга қарши иммунитетни мустаҳкамлашга йўналтирилган тадбирларни амалга ошириш;
9-синф битирувчиларини таълимнинг кейинги босқичига тўлиқ қамраб олиш, уларнинг умумий ўрта таълим муассасалари 10-синфида ёки ўзлари танлаган академик лицей ёки касб-ҳунар мактабларида ўқишларини давом эттиришларини таъминлаш;
ўқувчиларнинг касбга йўналтирилишини ва психологик-педагогик диагностикасини, васийликни, болалар ва ўсмирларнинг ҳуқуқ ва манфаатларини ҳимоя қилишни, улар билан, шу жумладан ижтимоий ночор болалар билан доимий иш олиб боришни ташкил этиш;
ўқувчи-ёшларни, жисмоний тарбия ҳамда спорт билан мунтазам шуғулланишга оммавий жалб этишни ташкил этиш;
шаҳарнинг таълим соҳасида эришган ютуқларини конференциялар, кўргазмалар ва бошқа тадбирлар ўтказиш йўли билан республика даражасида кенг тарғиб қилиш;
Бошқарма тасарруфидаги туман (шаҳар) Мактабгача ва мактаб таълими бўлимлари ва тасарруфидаги таълим муассасаларини юқори малакали, замонавий билимларга эга бўлган кадрлар билан таъминлаш чораларини кўриш.